1919年11月1日在南京成立,时有会员12人,成立会上讨论通过了《少年中国学会南京分会规约》共15条。确定分会机构设书记、通信、编辑、会计、庶务各职,各由会员分任。南京分会还负责编辑当年中国学会刊物《少年世界》,1920年1月1日创刊,张闻天、沈泽民担任校勘,行销5000份。1921年7月由南京分会会员筹组,总会在南京召开了第二次年会。1923年11月下旬总会由北京迁驻南京。总会后又于1924年7月、1925年7月在南京召开第五次、第六次年会。1925年底随总会停止活动而停止活动。