南京是全国响应五四运动最早的城市之一。学生的罢课、商界的罢市、工人的罢工,给军阀当局以沉重的打击。军政两署联合训令,禁止“三罢”。1919年6月7日,省教育厅又重弹提前放假的老调,学生不理。省警察厅长王桂林赴总商会并亲率警察到三山街、黑廊街等处挨门串户逼商店开业,遭到严词拒绝。反动派便公开镇压,南京发生了震惊全国的六七军警暴行。
7日上午,各校学生根据学联部署,上街演讲。金陵大学学生在花牌楼一带演讲时,被警察武力驱散,并遭蛮横殴打,伤17人,被拘捕者达数十人。学生陈昌胜被巡警打得口吐鲜血,身负重伤,还遭拘捕。王桂林亲自审讯,扬言要枪毙他。到城外去演讲的第一农业学校、暨南学校的学生也被捕去14人。在下关,千余学生游行到仪凤门时,被警察拦阻,下关警察署长王固磐率警察以武力威胁学生,并调来一营兵力相助。学生威武不屈,挺胸高呼:“誓死爱国!”“听凭枪毙!”警察马队竟冲入学生队伍,用刺刀乱戳,刺伤28人,连小学生也不能幸免,惨无人道之极!当天下午,江苏督军李纯宣布紧急戒严。保安队、骑巡队、侦探队、消防队全副武装,三步一岗,五步一哨,见学生、童子军、演讲团等就干涉、驱散。这一天,被捕和受伤学生共达80余人。8日,李纯又派第六师、补充旅全副武装,荷枪实弹,协助警察站岗。
警察的暴行激起公愤。8日,南京各界举行了1万人的抗暴游行,纷纷要求撤王桂林、王固磐的职。青年会学生列队到警察厅抗议,要求惩办凶手,抚恤受伤学生。学生联合会写出六七惨案经过书面报告送往《申报》馆,并散发各界、各商店公议,无论警察如何压迫,学生不复课,沪市一日不开,宁市决不单独行动。工人表示,学生不复课,商人不复市,工人决不复工。10日,北京政府下令免去卖国贼曹汝霖、章宗祥、陆宗舆的职务。消息传来,人民奔走相告,南京全城欢腾。12日,各商店、学校、工厂开始复市、复课、复工。16日,王桂林被迫释放了被捕学生,并公开向群众道歉。
“内惩国贼”的目的达到了,“外争国权”的目标还没实现。16日,南京学联代表曹公谨、郎良、吴邦杰出席了在上海召开的全国学生联合会成立大会。23日,南京学联召开学生代表大会,出席代表200多人。同一天,《南京学生联合会日刊》创刊。22日,南京学联致电北京政府,坚决反对在和约上签字。在全国人民的压力下,28日,出席巴黎和会的中国代表拒绝在巴黎和约上签字。至此,五四运动的两个直接斗争目标都实现了,南京的五四反帝爱国运动告一段落。